Per l`umanità il momento è delicato. I mutanti, esseri il cui DNA è corredato da un gene X che garantisce loro poteri sovrumani, sono in procinto di sopravanzare l`uomo. Il senatore Kelly, preoccupato, cerca di far approvare dal congresso degli Stati Uniti una legge che permetta la schedatura di tutti gli esseri sui quali sia stato riscontrato un gene mutante. L`iniziativa scatena violente reazioni sul fronte dei mutanti, che si dividono in due fazioni. Da un lato la Fratellanza dei mutanti malvagi, con a capo Magneto, che non ha intenzione di farsi schedare come bestiame ed è pronta a combattere la guerra contro l`umanità. Dall`altra c`è il gruppo guidato dal genetista professor Xavier, paraplegico, che si sforza di cercare una via di convivenza con gli umani. In attesa di questa soluzione però i suoi uomini vivono come terroristi. Ciclope, Tempesta, Jean Grey si dedicano con molti rischi alla loro missione, e con loro ci sono altri due appena arrivati: l`adolescente Rogue, e Wolverine, essere dall`indole bestiale capace di guarire subito da qualsiasi ferita e dotato di micidiali artigli nelle mani. La lotta tra i due gruppi e contro il senatore Kelly prosegue senza esclusione di colpi. Il senatore cade prigioniero dei mutanti, e Magneto poi rapisce Rogue.