Chaos Theory presenta un ritorno al primo capitolo della serie con la guerra informatica, con Fisher sulle tracce degli algoritmi di Masse usati dal presidente georgiano Kombayn Nikoladze per attaccare le infrastrutture statunitensi, durante la Crisi informatica georgiana. Il gioco è ambientato per la maggior parte in Giappone, Corea del Nord e Corea del Sud.